我的研究可分為兩個方面。主要的研究項目為網際網路上的自然語言人機介面，另外也涉獵圖論演算法以及計算生物學上的蛋白質序列分析，希望能結合演算法以及語言序列分析上的經驗對蛋白質序列的意義有所著墨。

        在圖論演算法上，我們發展出一個資料結構「PC-tree」，能夠大量簡化辨認平面圖和區間圖的困難度。PC-tree 可以很自然地表達平面圖，並可以統合連續一與環狀一的辨識。我們利用PC-tree 所設計出來的平面圖辨認法，極為簡單、直觀，並且為以後極大平面圖的線性演算法鋪下了一個捷徑。在基因序列上，我們發展出一套容錯演算法，在實驗誤差不超過15%的情況下，能夠利用clone 與clone之間的重疊關係計算出整段DNA序列中各個clone的大致位置。此外，我們利用反覆鬆弛法設計出一套NMR 的蛋白質結構骨幹對應的容錯演算法。在蛋白質二度空間結構預測上，我們也利用知識庫的技巧，將神經網路的演算法加以改良。

        在自然語言方面，我們小組所發展的注音自動轉國字的軟體─自然輸入法，正確率接近96% ，曾獲得1993 年傑出中文資訊產品獎，已經普遍受到大眾的歡迎與接受。在2000 年3 月10 號推出網路免費download的版本（13MG），在一週之內有兩萬多人在PC Home 網站下載，高居所有下載軟體的第二名，目前總下載次數已接近八十五萬。我們另一項重要的成果是，發展出一套『自然語言語意分析的引擎』以及相關的『智慧型知識表達系統』（InfoMap），可以適用於許多應用系統的知識管理。我們從自然語言理解的研究逐漸衍伸到網際網路上的智慧型代理人（intelligent Internet agent）的研究。這些代理人軟體未來將在網路的語意查詢以及電子商務上扮演舉足輕重的角色。此外，利用系統模擬人類理解的能力來扮演教學助理的角色。目前已經可以處理小學三年級的數學應用題自動作答以及一部分的自動教學。我們正將這套系統應用到生物資訊的自動答詢以及自動代替使用者執行script的代理人上。